Agora adalah nama sebuah kota di Alexandria, bagian utara Mesir, yang diduduki umat Kristiani. Konon saat itu (pada abad ke-4 setelah Masehi), umat Kristiani gagal menjalankan apa yang dikatakan firman Tuhan di Alkitab. Hal ini dikarenakan arogansi kaum Kristiani yang merasa paling benar. Banyak kaum minoritas seperti orang Yahudi dan kaum intelektual yang prinsipnya bertentangan dengan mereka, dibantai secara massal. Cerita dihidupkan melalui peran Hypatia (Rachel Weisz) yang mengabdikan hidupnya untuk ilmu pengetahuan. Ia berusaha keras ingin memecahkan misteri bagaimana sebenarnya posisi matahari dan bumi. Namun, prinsipnya yang begitu memuja ilmu pengetahuan dan tidak sejalan dengan kaum Kristiani membawanya ke dalam situasi marabahaya. Bahkan posisinya, sebagai wanita yang dikasihi Orestes(Oscar Isaac), tokoh politisi yang berpengaruh di kota Agora, tak dapat menolong Hypatia keluar dari situasi tersebut. Bagaimanakah akhir perjalanan hidup Hypatia? Berhasilkah ia menemukan misteri alam tersebut?